Stockholm Vatten och Avfall AB ägs till 100 procent av Stockholms Stadshus AB. Stockholm Vatten och Avfall AB äger 98 procent av aktierna i Stockholm Vatten AB och Huddinge kommun två procent. Holdingbolaget äger 100 procent av aktierna i Stockholm Avfall AB.
I Stockholm Vatten och Avfall AB bedrivs ingen verksamhet. Företaget är moderföretag till dotterbolagen Stockholm Vatten AB och Stockholm Avfall AB.