Situationen för vattnet i skärgården har under de senaste 20 åren blivit betydligt bättre. Genom förbättrade reningstekniker i avloppsreningsverken samt ökad miljömedvetenhet hos stockholmarna har algblomningarna minskat. Andra miljöstörande ämnen har också minskat.
Strömmarna har betydelse för växt- och djurliv
Vattnet från Mälaren och det renade avloppsvattnet bildar strömmar av sötvatten som blandas med saltare vatten under dess väg genom skärgården mot Östersjön. Under sin väg genom innerskärgården blandas det utspädda och renade avloppsvattnet gradvis in i ytvattnet. Utflödet av sötvatten har stor betydelse för växt- och djurliv och för innehållet av näringsämnen och syre i hela skärgården.