Mälaren är Sveriges tredje största sjö, efter Vänern och Vättern. Östra Mälaren är den allra ostligaste delen och utgörs av två smala grenar, en nordlig som börjar vid Hässelby och en sydlig som börjar vid Södertälje. De två grenarna möts i Klubbenområdet. Östra Mälaren fortsätter sedan förbi Essingeöarna, genom Riddarfjärden och slutar vid dammluckorna i Norrström och Karl Johanslussen i Söderström.
Halterna av fosfor och kväve är måttligt höga, utan stora förändringar från väster in mot områdena i centrala Stockholm. Inte heller siktdjupet visar några tydliga skillnader i de öppna delarna av Östra Mälaren, men är mindre i de tre stora vikarna Ulvsundasjön, Årstaviken och Karlbergssjön-Klara Sjö.
Mycket höga föroreningshalter (främst tungmetaller, PAH och oljekolväten) har påträffats i sedimenten, de allra högsta i Klara Sjö och i Vinterviken. Mälaren är den enda vattentäkten av betydelse för Stockholmsområdet. Det rekreativa värdet är stort. Det finns 13 allmänna bad inom Stockholms kommun, två marinor och ett flertal småbåtshamnar. Fritidsfisket är omfattande.